Wyróżnia się dwie warstwy błony śluzowej pochwy: blaszka właściwa – zawiera liczne włókna sprężyste, brak gruczołów (mogą wystąpić pojedyncze, podobne do gruczołów szyjki macicy). Wytwarza liczne brodawki wnikające w nabłonek. W blaszce występują licznie limfocyty mogące grupować się w struktury przypominające wyglądem grudki chłonne. nabłonek – wielowarstwowy, nierogowaciejący nabłonek płaski (choć ślady rogowacenia mogą wystąpić). W głębokich warstwach komórki zawierają ziarna glikogenu. Pod wpływem hormonów wydzielanych przez jajniki (głównie estronu, wydzielanego przez ciałko żółte) nabłonek pochwy ulega charakterystycznym zmianom. Estron powoduje silne spłaszczenie powierzchownych warstw nabłonka, cytoplazma komórek staje się kwasochłonna, zwiększa się liczba ziaren glikogenu i pojawiają się ziarnistości z eleidyną (wykładnik tendencji do rogowacenia). Wcześniej i później komórki są grubsze, a ich cytoplazma jest zasadochłonna. Zmiany te są podstawą do wyznaczenia czasu owulacji w niektórych metodach antykoncepcji. Brak tych zmian przy zachowanej menstruacji świadczy o niedoborze estronu lub cyklu anowulacyjnym (cykl bez jajeczkowania i powstania ciałka żółtego). Ściana pochwy jest zwilżana przez białawą wydzielinę powstającą ze złuszczającego się nabłonka pochwy i dopływającą wydzielinę szyjki macicy.