Fakt ten świadczyć może o znaczeniu regionalnym Czermnej, a także o prawdopodobnym czasie utworzenia parafii w drugiej połowie XIII wieku. Na obrzeżach Czermnej zaczęła wyrastać (prawdopodobnie uboga) miejscowość Chudoba (dziś Kudowa-Zdrój), która z czasem rozrosła się, zdominowała i wchłonęła Czermną.
Administracyjnie Czermna przez długi czas podlegała Nachodowi. W 1477 r. książę ziębicki Henryk I Starszy z Podiebradów, syn czeskiego króla Jerzego z Podiebradów przyłączył ją do ziemi kłodzkiej.
Podczas wojen husyckich parafia zostaje zrujnowana. W XVI w. Czermna podlega administracyjnie pod Nowe Miasto nad Metują, a kościół i miejscowa ludność musi przyjąć wiarę protestanckich władców z rodu von Stubenberg. Po bitwie na Białej Górze w 1620 r. ziemia kłodzka doświadcza skutków rekatolicyzacji, a Czermna staje się filią parafii kościoła katolickiego w Nowym Mieście nad Metują. Najstarsza zachowana w Czermnej księga urodzeń i zgonów pochodzi z 1664 r.