Rozprzestrzenienie Grupa kosmopolityczna, szczególnie liczna w gatunki w strefach chłodniejszych i górskich. Opisano ponad 3000 gatunków. W Polsce stwierdzono 278 gatunków (zobacz: wujkowate Polski).
Systematyka Wujkowate klasyfikowane są w nadrodzinie Empidoidea, która wraz z Cyclorrhapa tworzy klad Eremoneura. W tradycyjnym rozumieniu do wujkowatych zaliczano wszystkie Empoidea z wyjątkiem błyskleniowatych, jednak tak rozumiane były taksonem parafiletycznym i w 1983 Chvála rozdzielił je jako pierwszy na kilka rodzin. Krysiak w pracy z 2006 wymienia 6 podrodzin: Oreogetoninae, Empidinae, Hemerodromiinae, Clinocerinae, Brachystomatinae, Ceratomerinae. Morfologiczna analiza filogenetyczna Sinclaira i Cumminga pozwoliła podzielić dawne wujkowate na 4 osobne, monofiletyczne rodziny: Atelestidae, Hybotidae, Brachystomatidae i Empididae. Wspomniane przez Krysiak Ceratomerinae znalazły się w Brachystomatidae, a Oreogetoninae uznano za parafiletyczny zbiór kladów o niejasnej pozycji.