Balowa była dlań muzą, której wizerunek utrwalił na wielu płótnach. Gralewska, dowiedziawszy się o zdradzie ze strony Malczewskiego, nie mogła wybaczyć mężowi cudzołóstwa.
Podczas pobytu w Krakowie kilka razy zmieniał miejsce zamieszkania i pracy artystycznej. W czasie nauki w gimnazjum początkowo mieszkał w internacie Adolfa Dygasińskiego przy ul. Floriańskiej. W 1873 roku przeniósł się do samodzielnie zajmowanego pokoju u prof. Izydora Kopernickiego przy ul. Sławkowskiej 26.
Malował w wynajętych pracowniach: przy ul. Lubicz, w dworku Dettloffów na Czerwonym Prądniku przy ul. Wileńskiej 5, przy ulicy Łobzowskiej. Przed ślubem, w 1887 roku zajmował mieszkanie przy ul. Brackiej 10. Po ślubie zamieszkał z żoną u teścia Fortunata Gralewskiego przy ul. Szczepańskiej 1, potem przy ul. Batorego 20, gdzie artysta miał także pracownię. W latach 1899–1911 mieszkał i pracował w willi „Pod Matką Boską” przy ul. Księcia Józefa 29 na Zwierzyńcu (według informacji na tablicy pamiątkowej na willi artysta mieszkał tam w latach 1899–1914, według Bednarskiego są to błędne informacje). Malczewscy przeprowadzili się na krótko na ul. Karmelicką 29, po czym w 1911 roku przenieśli się na ul. Krupniczą 8 do domu barona Jana Franciszka Konopki. Od października 1926 Malczewski mieszkał na Salwatorze w domu architekta Tadeusza Glińskiego przy ul.