Oddzielenie L. vicugna i L. guanicoe nastąpiło 2–3 miliony lat temu, co wskazuje, że te dwa gatunki należą do jednego taksonu, chociaż część ujęć systematycznych rozpoznaje dwa odrębne rodzaje – Lama i Vicugna. Podgatunki są rozróżniane na podstawie genetyki, siedliska i morfologii. Północny podgatunek mensalis jest blisko spokrewniony z udomowionym L. pacos. Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World rozpoznają dwa podgatunki.
Etymologia Lama: peruwiańska nazwa llama dla lamy, od keczuańskiej nazwy llama dla lam. vicugna: hiszpańska nazwa vicuña dla wikunii, od keczuańskiej nazwy wik’uña dla wikunii.
Zasięg występowania Wikunia andyjska występuje w stanie naturalnym w Ameryce Południowej zamieszkując w zależności od podgatunku: L. vicugna vicugna – zachodnia Boliwia, północno-zachodnia Argentyna i północno-wschodnie Chile (18°–29° szerokości geograficznej południowej). L. vicugna mensalis – południowo-wschodni Peru, zachodnia Boliwia i północno-wschodnie Chile (9°–19° szerokości geograficznej południowej).
W Ekwadorze występuje niewielka populacja (około 3000 osobników) sprowadzoną z Peru, Chile i Boliwii w latach 80.