W 1450 roku Nowe Guty wymienione były jako wieś zwana Gussepilcke. Potem spotykamy kolejne formy zapisu – Guttloffker (1483), Gutten (1493) oraz Guthen, i w zasadzie ta druga forma w źródłach historycznych występuje prawie wyłącznie. Pierwotna nazwa – Gussepilcke sugeruje pochodzenie pruskie. Jest to nazwa dwuczłonowa, w której Gusse może być zniekształconą w dokumencie późniejszą nazwą osobową Gutte, zaś drugi jej człon pilcke prawdopodobnie pochodzi od pilis, pilkalnis, co w językach bałtyjskich oznacza gród. Można wnioskować, iż pierwotnie Nowe Guty były grodem jakiegoś Prusa Gutta, względnie Gussa. Po wojnach krzyżackich nazwa Gutten pozostaje, by już w czasach współczesnych przed 1945 rokiem figurować jako Seegutten. W wersji niemieckiej wioska została nazwana Gutten; po polsku nazwę tę wymawiano Guty. Bezpośrednio po II wojnie światowej funkcjonowała nazwa Guty Nadjeziorne.