Wieś otrzymała 10 lat wolnizny od czynszów i innych obowiązków.

W czasie wojny trzynastoletniej mieszkańcy Nowych Gut wsparli początkowo związkowców, jednak po krwawej przegranej bitwie pod Rynem (1456) poddali się pod opiekę Zakonu. Walki oraz pobyt wojsk zaciężnych spowodowały zniszczenia i zubożenie regionu.

Wieś rozwijała się, będąc jedną z największych w okolicy (znaczniejszy był tylko Orzysz). Od 1477 roku Nowe Guty przeniesiono do komturstwa ryńskiego. Gdy po sekularyzacji Zakonu Krzyżackiego w Prusach zmienił się podział administracyjny, Nowe Guty zaczęły podlegać starostwu w Rynie. Stan taki utrzymał się do 1752 roku. Guty miały w 1539 r. tylko polską ludność.

Na początku XX w. we wsi mieszkało 750 osób. Do 1945 roku Mazury zamieszkiwane były przez Polaków, Niemców, Mazurów oraz inne nacje, jednak dominowała ludność niemieckojęzyczna. Wielu uważało się po prostu za Mazurów, wpisując w rubryce „język ojczysty” – mazurski. W roku 1910 takich ludzi było w powiecie piskim ponad 60%. Nowe Guty (Seegutten) leżały w powiecie piskim (Johanissburg). Na mocy art. 96 traktatu wersalskiego mieszkańcy terytorium objętego plebiscytem dokonali wyboru między Polską a Prusami Wschodnimi. W obwodzie Nowe Guty 500 osób opowiedziało się za przynależnością do Prus Wschodnich.