Wieś leży na Nizinie Śląskiej. Według podziału fizycznogeograficznego z 2017 dr. Krzysztofa Badory, Nowy Dwór Prudnicki znajduje się w granicach mikroregionów Równina Walców (318.59.1) i Dolina Dolnej Osobłogi (318.55.10). W obszarze wsi przepływa struga Osobłoga Rzepecka.
Przez wieś prowadzi droga z Głogówka do Żywocic.
Nazwa Nazwa miejscowości pochodzi od słowa „dwór”, co oznaczało majątek rolny lub folwark. Przymiotnik „Prudnicki” świadczy o położeniu wsi na ziemi prudnickiej i o jej przynależności do powiatu prudnickiego. Wieś po raz pierwszy wzmiankowana w kościelnych dokumentach z Głogówka w 1688 jako novo pago. W wydanej we Wrocławiu w 1845 topografii Śląska odnotowano dwie nazwy miejscowości: niemiecką Neuhof oraz polską Nowy Dwór.
W Spisie miejscowości województwa śląsko-dąbrowskiego łącznie z obszarem ziem odzyskanych Śląska Opolskiego wydanym w Katowicach w 1946 wieś wymieniona jest pod polską nazwą Nowy Dwór. 15 marca 1947 r. nadano miejscowości, wówczas administracyjnie należącej do powiatu prudnickiego, nazwę Nowy Dwór PrudnickiRozporządzenie Ministrów: Administracji Publicznej i Ziem Odzyskanych z dnia 15 marca 1947 r. o przywróceniu i ustaleniu urzędowych nazw miejscowości ()..
W gwarze prudnickiej wieś nazywana bywa Nowidwor.