II wojna światowa thumb|Tadeusz Komorowski w mundurze pułkownika WP, ok. 1935|lewo Podczas kampanii wrześniowej był najpierw dowódcą Ośrodka Zapasowego Zgrupowania Kawalerii w Garwolinie (stanowisko to objął w sierpniu 1939), a następnie zastępcą dowódcy Kombinowanej Brygady Kawalerii płk. Adama Zakrzewskiego w składzie Armii „Lublin” z którą walczył pod Górą Kalwarią i Zamościem. Pułkownik Komorowski uniknął niewoli i przedostał się do KrakowaGenerałowie II Rzeczypospolitej, s. 107..thumb|Polska ekipa podczas międzynarodowych zawodów hippicznych w Berlinie w 1936: od lewej por. Janusz Komorowski, mjr Wilhelm Lewicki, płk Tadeusz Komorowski (szef ekipy), mjr Zdzisław Dziadulski, por. Czarniawski|lewoPod koniec 1939 stworzył w Krakowie konspiracyjną Organizację Wojskową i kierował nią do stycznia 1940, kiedy podporządkowała się ZWZ. Komorowski przyjął wówczas pseudonim „Korczak”. Komendant Obszaru Kraków ZWZ, od 8 lutego 1940 generał brygady, po dekonspiracji i przedostaniu się latem 1941 do Warszawy został mianowany zastępcą komendanta głównego ZWZ. Od jesieni 1941 do czerwca 1943 był również komendantem Obszaru Zachodniego, obejmującego okręgi: poznański i pomorski.