20 listopada 1943 wydał rozkaz do rozpoczęcia akcji „Burza”.
14 marca 1944 Naczelny Wódz gen. Kazimierz Sosnkowski mianował go generałem dywizji z dniem 1 marca 1944 w korpusie generałów.
Podjął decyzję o wybuchu powstania warszawskiego. Decyzja ta – według Andrzeja L. Sowy – została uznana pośrednio przez Naczelnego Wodza za przekroczenie kompetencji, które Komorowski posiadałNaczelny Wódz, po miesiącu walk w Warszawie, w depeszy z 31 sierpnia 1944 roku pisał do władz AK w kraju: „Imponderabilia związane z nastrojami społeczeństwa w Kraju i stanem moralnym żołnierzy Armii Krajowej ocenić możecie jedynie Wy i na tej ocenie muszę polegać całkowicie. (…) Argument, że proponowane ograniczenie „Burzy” miałoby załamać moralnie Armię Krajową i Społeczeństwo jest oczywiście argumentem, wobec którego jestem bezsilny. Musicie wobec tego sami określić dopuszczalny sposób ograniczenia „Burzy” i zredukowania ofiar. Ze swej strony wzywam Was z całym naciskiem do zaniechania wszelkich inicjatyw nadających „Burzy” cechy i formy powstania. – za: Wyjaśnienie Instrukcji z dnia 25.08.1944 dotyczącej ograniczenia „Burzy”, Armia Krajowa w dokumentach 1939-1945, tom IV, lipiec-październik 1944, wyd. Ossolineum, 1991, s. 233, za: Andrzej Leon Sowa Kto wydał wyrok na miasto. Plany operacyjne ZWZ-AK (1940–1944) i sposoby ich realizacji.