W półfinale Osasuna trafiła jednak na obrońcę tytułu i przyszłego zdobywcę, Sevillę, przegrywając w dwumeczu 1:2, kończąc rozgrywki wygraną 1:0 na własnym obiekcie.
W następnych sezonach klub balansował na granicy spadku. W sezonie 2008/2009 przed ostatnią kolejką Osasuna zajmowała 18. miejsce w tabeli. W meczu kończącym sezon drużyna z Estadio Reyno de Navarra przegrywała już 0:1 z Realem Madryt, ale za sprawą dwóch goli Juanfrana (notabene wychowanka „Królewskich”) udało jej się wygrać i pozostać na najwyższym poziomie rozgrywkowymOsasuna 2–1 Real Madrid; ESPN Soccernet, 31 maja 2009..
W latach 2012–2014 klub występował w rozgrywkach Primera División. 20 maja 2019 Osasuna awansowała z powrotem do La Liga po zwycięstwie Granady nad Albacete, matematycznie zapewniając sobie awans na trzy mecze przed końcem sezonu. W dniu 31 maja pokonali Córdobę, kończąc jako mistrzowie Segunda División 2018/2019. Klub uświetnił swoje stulecie w październiku 2020 roku ligowym zwycięstwem nad Athletic Bilbao, aczkolwiek mecz został rozegrany przy pustym stadionie ze względu na obostrzenia spowodowane pandemią COVID-19 w Hiszpanii.