Jako nekropolia miejska został przejęty w 1801 roku. Zachowane Metryki pogrzebowe Góry Zbawiciela czyli księgi pogrzebowe kościoła misjonarzy, wskazują, że jako pierwszy na cmentarzu w roku 1801 pochowany został burmistrz Wilna Jan Müller, niedługo potem magistrat uregulował prawne kwestie związane z funkcjonowaniem cmentarza. W roku 1802 wzniesiono zaś pierwsze katakumby, w 1814 miało miejsce pierwsze powiększenie obszaru o tereny nazywane obecnie Wzgórzem (Górką) Literatów. W 1820 teren cmentarza otoczono murem, a w 1840 ks. Józef Bogdanowicz zainicjował wybudowanie w pobliżu katakumb neogotyckiej kaplicy pogrzebowej. Od tego czasu cmentarz uznawano za elitarny, chowano osoby zasłużone lub stojące wyżej w hierarchii społecznej. W 1847 w związku z wyczerpaniem się możliwości grzebalnych powstała nowa nekropolia po drugiej stronie ulicy Listopadowej tzw. Nowa Rossa. Po 1945 i opuszczeniu Wilna przez polskich mieszkańców rozpoczęła się celowa dewastacja nekropolii, nagrobki były niszczone przez wandali, teren cmentarza stał się miejscem spotkań półświatka, który rozbijał nagrobki, niszczył epitafia, a wszystko przy biernej postawie nowych władz. W wielu grobowcach urządzono składy materiałów budowlanych oraz warsztaty, a z części zdemontowano epitafia.