Autor monografii Grupy Operacyjnej „Piotrków” stwierdza jednoznacznie, że „odjazd gen. Bończy-Uzdowskiego należy zakwalifikować jako ucieczkę z pola walki.” Generał poruszając się w kierunku Góry Kalwarii, w nocy z 8 na 9 września, w rejonie Mszczonowa wjechał na teren zajęty przez Wehrmacht. Po dwóch dniach marszu przeprawił się łódką przez Wisłę, a następnie zameldował się w Warszawie u gen. Rómmla. Z rozkazu dowódcy armii 13 września ponownie objął dowództwo 28 DP i wziął udział w obronie Modlina na odcinku „Pomiechówek”. Mieczysław Bielski podaje, że w Modlinie, gen. Thommée starał się odsunąć generała od dowodzenia dywizją. Mimo tego, w swoim rozkazie pożegnalnym do załogi Twierdzy Modlin złożył podziękowanie dowódcy 28 DP. Od 29 września w niewoli niemieckiej. Cały okres II wojny światowej spędził w Oflagu VIIA Murnau.

Po powrocie do kraju w 1946 ponownie został prezesem PZPN. W 1949 przeszedł na emeryturę.

Zmarł w Warszawie 21 marca 1957 roku. Został pochowany na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera A 30-4-15).