Od czerwca 1940 działał w konspiracji, pełniąc funkcję szefa Wydziału III taktyczno-wyszkoleniowego Związku Walki Zbrojnej. Od października był szefem sztabu Komendy Okręgu Warszawa-Miasto ZWZ, a od maja 1941 – komendantem tego Okręgu. 10 sierpnia 1942 został awansowany do stopnia pułkownika służby stałej.
Był zwolennikiem przeprowadzenia powstania w Warszawie. Po latach stwierdzał jednak, że liczył na to, iż z chwilą rozpoczęcia walk wszystko pójdzie według naszych planów, to jest nie tylko nasza akcja wojskowa, ale i pomoc w zrzutach i bombardowanie przez lotnictwo z zagranicy. (...) Gdybym był wiedział, że w Londynie nic nie przygotowano zawczasu, moja postawa wobec perspektywy walki w stolicy byłaby na pewno negatywnaAndrzej Leon Sowa, Kto wydał wyrok na miasto. Plany operacyjne ZWZ-AK (1940–1944) i sposoby ich realizacji, Kraków 2016, Wydawnictwo Literackie, , s. 312.. Planując walki w Warszawie twierdził: Niemcy nie wytrzymają naszych uderzeń kierowanych ze wszystkich stron jednocześnie. (...) Żołnierz niemiecki jest zdemoralizowany odwrotem i zniechęcony do dalszego prowadzenia wojny, bić się nie będzie.