W powstaniu warszawskim był dowódcą całości sił powstańczych. W rzeczywistości jego dowodzenie ograniczało się do części obwodu Śródmieście, gdzie w gmachu PKO od 15 sierpnia stacjonował jego sztab (wcześniej znajdował się on w hotelu Victoria)W oczach pojawiły mu się łzy… 1 sierpnia pułkownika Chruściela „Montera”.. Z pozostałymi ośrodkami walczącej Warszawy w zasadzie nie miał bezpośredniej łączności, poza łącznikami docierającymi do niego sporadycznie, toteż jego wiedza o tym, co dzieje się w innych ogniskach walki na terenie stolicy, była bardzo skromna. Kontakt z Komendą Główną utrzymywał drogą radiową. Od 20 września 1944 dowodził Warszawskim Korpusem AK.

„Monter” długo uważał, że Niemcy wkrótce wycofają się z Warszawy, dlatego należy tak organizować działania, by im tego nie utrudniać. Początkowe pomysły aktywnego dowodzenia ograniczał do obszarów Śródmieścia, stąd też np. nie chciał udzielać pomocy oddziałom walczącym na Woli poprzez organizowanie kontruderzeń na grupę bojową Dirlewangera czy wspieranie ich dostawami amunicji. 8 sierpnia w rozkazie przeznaczonym dla komendantów obwodów Chruściel instruował ich między innymi: „Żołnierze nie uzbrojeni – noszą butelki zapalające, granaty lub po prostu kamienie o kształcie i wadze granatów ręcznych.