W wyniku unii brzeskiej w 1596 r. istniejącą parafię prawosławną zamieniono na katolicką obrządku greckiego. W I połowie XVII w. było w Otroczu 24 półłanki ziemi uprawnej, 9 zagród z rolami, 5 komornic, tkacz oraz kuźnica ordynacka. Miejscowym unitom ordynat zamojski ufundował w 1767 r. cerkiew. Pod koniec XVIII w. we wsi istniały trzy karczmy. Na początku XIX w. we wsi było 119 domów i 661 mieszkańców, z czego tylko 7 osób obrządku łacińskiego. Włościanie oprócz uprawy roli zajmowali się pszczelarstwem i wyrobem dziegciu. Podczas powstania styczniowego, 6 stycznia 1863 r., wojsko carskie zaatakowało tutaj oddział Marcina Lelewela-Borelowskiego. Decyzją carską zniesiono w 1875 r. unię kościelną, w wyniku czego unici otroccy musieli przejść na prawosławie. Większość pozostała przy tym wyznaniu mimo wydania ukazu tolerancyjnego w 1905 r. W okresie I wojny światowej duża część rodzin ewakuowała się do Rosji wraz z wycofującymi się wojskami. Powrócili oni po zakończeniu działań wojennych. W 1919 r. budynek cerkwi w Otroczu został zrewindykowany na rzecz Kościoła katolickiego, dzięki czemu erygowano parafię łacińską. Prawosławni, którzy przez cały okres międzywojenny domagali się jego zwrotu, miejsce kultu ulokowali początkowo w prywatnym budynku, a później zbudowali kaplicę, siedzibę etatowej parafii liczącej w 1923 1360 wiernych.