Został przeniesiony do 5 pułku piechoty Legionów, gdzie, jako szeregowiec, wraz z synem Stefanem, walczył na froncie. W 1921 zdemobilizowany powrócił do Warszawy na dawne stanowisko w Ministerstwie Kultury i Sztuki.
Zamach i kara śmierci
thumb|Słupek, przy którym został stracony Eligiusz Niewiadomski thumb|Grobowiec rodziny Niewiadomskich 16 grudnia 1922 w czasie otwarcia wystawy w warszawskiej Zachęcie, obecny tam Niewiadomski oddał w kierunku prezydenta RP Gabriela Narutowicza trzy strzały z pistoletuPatryk Pleskot, Niewiadomski. Zabić Prezydenta. Warszawa 2012 (seria: „Biografie przeklęte”).W sprawozdaniu sądowym używane jest słowo „rewolwer”, jednak fragmenty dotyczące technicznego opisu broni mówią „rany postrzałowe mogły być zadane z przedstawionego nam pistoletu magazynowego wyrobu hiszpańskiego kalibru 7,65 mm” (s. 46); „Rewolwer 10-strzałowy – hiszpański pistolet za № ... .2. Magazyn do tego rewolweru...” (s. 48);