Kiedy wrócił po wojnie do Kopenhagi, był orędownikiem pokojowego wykorzystania energii atomowej.

Informacje dotyczące prywatnej rozmowy Bohra z Heisenbergiem są sprzecznePais, op. cit, s. 455–459.. Wiadomo, że Heisenberg przebywał w Kopenhadze przez tydzień na konferencji astrofizycznej, na której Bohr, pomimo zaproszenia, nie pojawił się. W trakcie wizyty w posiadłości państwa Bohrów miała miejsce jedna bezpośrednia rozmowa między uczonymi. Nie wiadomo nawet dokładnie, czy rozmowa toczyła się podczas spaceru w pobliżu posiadłości Bohra (jak twierdził Heisenberg) czy też w gabinecie Bohra (jak twierdził potem m.in. sam Bohr). W jednym z wywiadów Heisenberg stwierdził, że chciał z Bohrem zawrzeć pakt o zaprzestaniu przez naukowców prac nad bombą atomową po obu stronach konfliktu. Powiedział też, iż niemieccy naukowcy robili wszystko, by skierować prace tylko w kierunku produkcji energii atomowej i nie wytwarzać broni. Bohr zaprzeczył tym twierdzeniom. Potwierdził przekazanie przez Heisenberga informacji o niemieckiej pracy nad energią atomową, ale stwierdził też, że Heisenberg uważał Niemców za przyszłych zwycięzców wojny.