W czasie potopu szwedzkiego (1657), maszerujące kilkakrotnie wojska szwedzkie i siedmiogrodzkie spowodowały zrujnowanie kościołaJ. Wimmer, Wojska polsko-szwedzka, Warszawa 1973, s. 180 i 184. Wobec wielkich zniszczeń i biedy panującej wśród szlachty, kolatorstwo parafii przeszło na inne rody ziemi drohickiej. W latach sześćdziesiątych XVII stulecia przywilej ten posiadał Aleksander Radziszewski, podkomorzy drohicki i od 1666 roku kasztelan podlaski. Za jego czasów oraz proboszcza Grzegorza Korycińskiego, w 1664 roku przystąpiono do budowy kolejnej świątyni pod wezwaniem św. Piotra w Okowach, Przemienienia Pańskiego i św. Mikołaja. Ten kościół spłonął w roku 1706.
Rok później Baltazar (Balcer) Ciecierski, stolnik drohicki ufundował kolejny drewniany kościół. W latach 1740–1753 ks. Maciej Święcki, proboszcz perlejewski wyposażył nową świątynię w siedem ołtarzy. Dnia 21 lipca 1754 roku konsekracji kościoła i trzech dzwonów dokonał ks. bp Ludwik Riaucour, biskup tytularny Ptolemais, sufragan Łucki (1749-1777). W 1859 roku proboszczem został ks. Józef Srzedziński. W rok po objęciu godności rozpoczął budowę murowanej świątyni, przy pomocy budowniczego Jana Orłowskiego. Kamień węgielny poświęcono 6 sierpnia. Ksiądz Srzedziński wybudował tu również szkołę dla dzieci. W 1863 r. zaangażował się w powstanie styczniowe.