W 1988 r. wprowadzono Elektroniczny System Kontroli Ruchu Pociągów (ESKD), dzięki któremu informacje o ruchu pociągów są przekazywane do dyspozytora. System ten umożliwił również instalację wyświetlaczy informujących podróżnych o orientacyjnym czasie przyjazdu pociągu z danego kierunku.
Lata 90. XX wieku W latach 90. nastąpił spadek liczby pasażerów w trójmiejskiej SKM. Jednakże SKM nadal pozostała podstawowym środkiem transportu publicznego, zwłaszcza pomiędzy Gdańskiem a Gdynią.
12 lutego 1993 do służby weszły dwie jednostki EW60 i pracowały do 2000, kiedy zostały odstawione do naprawy głównej. Jednakże zamiast wykonać naprawę dokonano kanibalizacji tych pojazdów wykorzystując wiele części do naprawy innych EZT-ów, szczególnie EW58. W 2005 oba pojazdy bardzo niekompletne sprzedano Kolejom Mazowieckim.
22 grudnia 1997 oddano do użytku przystanek Gdynia Cisowa, co umożliwiło wydłużenie relacji pociągów kończących do tej pory bieg w Gdyni Chyloni.
XXI wiek mały|Elektroniczny automat do sprzedaży biletów – pulpit dotykowy 1 lipca 2001 powstała samodzielna spółka PKP Szybka Kolej Miejska w Trójmieście Sp.