Oprócz połączeń na trasie Gdańsk Główny – Wejherowo, SKM obsługiwał lub obsługuje także inne miasta. Obecnie pociągi SKM kursują również do Lęborka. W poprzednich latach spółka wykonywała kursy m.in. do Ustki, Słupska, Tczewa, Malborka, Elbląga, Iławy, Smętowa oraz Laskowic Pomorskich, a także na lokalnej trasie Gdańsk Główny – Gdańsk Brzeźno – Gdańsk Nowy Port. Kursowanie na ostatnim odcinku tej trasy (Gdańsk Główny – Gdańsk Brzeźno) zawieszono z powodu nierentowności w 2005. Do 11 grudnia 2022 r. załogi SKM pracowały w pociągach PKM do Kartuz, Kościerzyny i Żukowa.
W 2007 r. na przystankach SKM uruchomiono automaty do sprzedaży biletów.
Historia
Początki kolei w Gdańsku Kolej dotarła do Gdańska 19 lipca 1852 w ramach budowy sieci połączeń Pruskiej Kolei Wschodniej. Początkowo kończyła się tu jedynie linia z Tczewa łącząca Gdańsk z Bydgoszczą i Berlinem. Linia w stronę Sopotu i Wejherowa została zbudowana w 1870 i łączyła Stargard z Gdańskiem. Obecnie są to linie 9 i 202. Ponadto z Gdańska Wrzeszcza odchodziła linia do Starej Piły a stamtąd dalej do Kartuz, a z rejonu Bramy Żuławskiej – kolej wąskotorowa w kierunku Sztutowa i Giemlic.