Jednocześnie w kwietniu 1919 na zjednoczeniowym XVI Zjeździe PPS Niedziałkowski został wybrany do Rady Naczelnej i Centralnego Komitetu Wykonawczego PPS (pełniąc te funkcje do 1939). Wszedł również do Sekretariatu Generalnego CKW i RN wraz z Jerzym Czeszejko-Sochackim i Janem Bajem. Po odejściu Czeszejko-Sochackiego w lipcu 1920 z funkcji sekretarza generalnego funkcję tę objął Mieczysław Niedziałkowski. Od 11 września 1921 do 1925 pełnił funkcję sekretarza generalnego ds. zagranicznych. Z tego tytułu uczestniczył w delegacji PPS na Kongresie założycielskim Socjalistycznej Międzynarodówki Robotniczej w Hamburgu w maju 1923. W 1925 wybrany członkiem egzekutywy SMR.
Wybrany posłem z listy PPS w wyborach parlamentarnych w 1922, oraz w wyborach parlamentarnych w 1928. z listy nr 2 (PPS) w okręgu wyborczym nr 9 (Płock), zaś w 1928 również z listy państwowej. W obu kadencjach był członkiem komisji konstytucyjnej i spraw zagranicznych. W ramach Związku Parlamentarnego Polskich Socjalistów w I kadencji Sejmu był członkiem Komisji Parlamentarnej, zaś w II kadencji wiceprezesem ZPPS, a od 1929 prezesem.