Aresztowany przez Gestapo 23 grudnia 1939 roku. Zamordowany przez Niemców w ramach akcji AB, mającej na celu eksterminację polskiej inteligencji. Zginął 21 czerwca 1940, rozstrzelany w masowej egzekucji w Palmirach.
Uroczysty pogrzeb odbył się w Palmirach w maju 1946 z udziałem kilkutysięcznego tłumu złożonego z członków organizacji politycznych, społecznych i młodzieżowych. Wiceprezydent Krajowej Rady Narodowej - Stanisław Szwalbe udekorował trumnę Mieczysława Niedziałkowskieo Krzyżem Grunwaldu I klasy, a w imieniu Rządu Jedności Narodowej premier Edward Osóbka-Morawski - Medalem Zwycięstwa i Wolności 1945, następnie kolejno przemawiali przedstawiciele partii politycznych: PPS - Kazimierz Rusinek, PPR - Roman Zambrowski, PSL - wicepremier Stanisław Mikołajczyk, oraz przedstawiciele organizacji młodzieżowych.
12 sierpnia 1954 odznaczony pośmiertnie Krzyżem Niepodległości Polski Podziemnej z Mieczami przez Prezydenta RP na Wychodźstwie Augusta Zaleskiego.