W 1571 właścicielem był tenutariusz babimojski oraz kasztelan poznański Piotr Czarnkowski, który zapłacił pobór od 16 łanów kmiecych liczonymi wraz z łanami sołeckimi, a także od 11 zagrodników płacących po 4 grosze i 4 zagrodników płacących po 2 groszy, jednej karczmy dziedzicznej oraz młyna wodnego o jednym kole. W 1580 miał miejsce pobór od 13 łanów osiadłych, 2 łanów sołtysich, jednego łana opuszczonego, od zagrodników, 4 biednych komorników oraz od owczarza, który wypasał 80 owiec.
Pod koniec XVI wieku miejscowość była wsią królewską starostwa babimojskiego i leżała w powiecie kościańskim województwa poznańskiego w Rzeczypospolitej Obojga NarodówAtlas historyczny Polski. Wielkopolska w drugiej połowie XVI wieku. Część II. Komentarz. Indeksy, Warszawa 2017, s. 243..
W wyniku II rozbioru Rzeczypospolitej w 1793, miejscowość przeszła w posiadanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim. W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815-1848) miejscowość wzmiankowana jako Podmokle małe należała do wsi większych w ówczesnym powiecie babimojskim rejencji poznańskiej. Podmokle małe należały do babimojskiego okręgu policyjnego tego powiatu i stanowiły część majątku Podmokle, którego właścicielem był Massow.