Jako mieszkańcy wsi fryderycjańskiej, mieszkańcy Podwilczyna zostali na przełomie 1794 i 1795 objęci koniecznością opłacania czynszu dzierżawnego i zobowiązani do przygotowania pobliskiej okolicy do użytkowania gospodarczego – przede wszystkim karczowania lasu. Plan osuszenia jeziora Rybiec i przekształcenia go w żyzną łąkę został zarzucony w wyniku protestu osadników, ponieważ groził odcięciem ich od wody pitnej. W 1939 w miejscowości były 52 gospodarstwa.
Miejscowość została opuszczona przez mieszkańców 5 marca 1945, dwa dni przed zajęciem jej przez Armię Czerwoną. Zniszczenia były niewielkie, wysadzono jedynie most nad Kamienną na drodze do Dębnicy Kaszubskiej. W czasie procesu wysiedlania Niemców z terenów przejętych przez Polskę we wsi zatrzymała się kolumna uchodźców z okolic Tylży.
Po ustanowieniu polskiej administracji Podwilczyn należał najpierw do III okręgu administracyjnego „Pomorze Zachodnie” (14 marca-24 września 1945), do województwa gdańskiego (25 września 1945-27 czerwca 1946), województwa szczecińskiego (28 czerwca 1946-5 lipca 1950), województwa koszalińskiego (6 lipca 1950-31 marca 1975), następnie do województwa słupskiego (1 kwietnia 1975-31 grudnia 1998).