Pyjas zmarł 7 maja 1977 w kamienicy przy ulicy Szewskiej 7 w Krakowie. Zdaniem ówczesnych władz śmierć nastąpiła w wyniku upadku ze schodów (na początkowym etapie śledztwa sugerowano nawet spożycie alkoholu jako przyczynę). Według środowisk opozycyjnych, Pyjas zmarł wskutek pobicia przez funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa („nieznanych sprawców”). Część środowisk opozycyjnych nie wierzyła jednak w celowy mord na zlecenie SB a raczej „wypadek przy pracy” bezpieki. Argumentowano to tym, że Pyjas był nikomu nieznanym studentem, bez większego znaczenia i osiągnięć na polu działań opozycji. Dodatkowo argumentowano, że władza nie posunęłaby się do takich czynów na parę dni przed Juwenaliami, obawiając się (słusznie) zamieszek.

Głównym źródłem informacyjnym Służby Bezpieczeństwa na temat Stanisława Pyjasa był jego kolega i późniejszy działacz Studenckiego Komitetu Solidarności Lesław Maleszka, występujący jako TW „Ketman” i TW „Return” (późniejszy dziennikarz Gazety Wyborczej).