Marek, nie wiedząc, że jest nagrywany, w rozmowie telefonicznej z dziennikarką radiową, przyznał iż „ktoś Pyjasowi dał po mordzie.., ale ja nie wiem kto...”. Fakt, iż to nie on prowadził omawianą sekcję zwłok potwierdził w 2009, będąc przesłuchiwanym przez IPN. Zeznał wtedy, że w ogóle nie prowadził oględzin zwłok, a jedynie podpisał się pod raportem przygotowanym przez inne osoby.
Śledztwo wznowione w 1991 wykazało, że Pyjas został śmiertelnie pobity. Jednak z powodu braku możliwości wykrycia sprawcy umorzono je ponownie w 1999. Po śmierci Pyjasa jego przyjaciel Bronisław Wildstein, podając się za krewnego Pyjasa obejrzał zwłoki, które według niego nosiły ślady charakterystyczne dla brutalnego pobicia. Za najbardziej prawdopodobny wątek uznano wtedy pobicie, na polecenie SB, przez byłego boksera „Wisły”, Mariana Węclewicza, który wkrótce po śmierci Pyjasa zginął w zamachu. W dokumentach śledztwa zachowała się notatka mówiąca wprost o zleceniu Marianowi Węclewiczowi przez agenta SB ps. „Janek” pobicia Pyjasa. Oficer SB, który prawdopodobnie zlecał to zadanie, zmarł na zawał serca.