20 kwietnia 2010 dokonano ekshumacji zwłok Stanisława Pyjasa celem ponownego zbadania w krakowskim Zakładzie Medycyny Sądowej. W trakcie dochodzenia prokurator Ireneusz Kunert z krakowskiego oddziału IPN potwierdził wykrycie obrażeń, których nie opisano w raporcie z 1977 oraz 1991. Kolejnym krokiem były badania przeprowadzone przez biegłych medyków sądowych z Zakładów Medycyny Sądowej we Wrocławiu, Bydgoszczy i Gdańsku. Wyniki analizy zdają się potwierdzać wnioski śledztwa z 1977, jakoby Stanisław Pyjas zginął z powodu nieszczęśliwego wypadku. Ujawniono również, że tuż przed śmiercią był pod wpływem alkoholu, natomiast nie odnotowano śladów pobicia ani postrzelenia.
15 lutego 2011 krakowski oddział IPN złożył wniosek o doprecyzowanie dokumentu końcowego z przeprowadzonej ekshumacji, kierując do zespołu biegłych dodatkowe 23 pytania. Równolegle zlecono opublikowanie uzupełniającej opinii sądowo-toksykologicznej biegłym z Instytutu Ekspertyz Sądowych w Krakowie. Według biegłych z Instytutu Ekspertyz Sądowych, „Pyjas mógł spaść ze schodów w kamienicy przy ul.