16 maja 1945 roku pierwszy szwadron V Brygady Wileńskiej Armii Krajowej pod dowództwem Zygmunta Błażejewicza w wyniku sporu z żołnierzami WP o kontyngent zastrzelił czterech mieszkańców wsi oraz dowódcę grupy żołnierzy. Sam Błażejewicz został ranny. 22 maja ten sam oddział podpalił wieś, skutkiem czego w pożarze zginęło troje dzieci. Kolejna ofiara tragedii zmarła po kilku dniach od rozległych poparzeń. Całkowitemu zniszczeniu uległy zabudowania wsi wraz z inwentarzem. Po tych wydarzeniach kilkanaście rodzin z Potoki (46 osób) zdecydowało się bezzwłocznie na trwałą migrację do Związku Radzieckiego na zawsze opuszczając rodzinną wieś. W związku z tymi wydarzeniami do 1950 r. Potokę opuściło kolejnych 200 mieszkańców. Ich miejsce zasiedlili repatrianci zza linii Curzona. Zbrodnię w Potoce upamiętnia pomnik prawosławnych mieszkańców Białostocczyzny zabitych i zaginionych w latach 1939–1956 w Białymstoku.
W 1950 liczba mieszkańców wzrosła do 286 osób, by w 1995 spaść do zaledwie 69. Z tej liczby ponad połowę stanowiły osoby powyżej sześćdziesiątego roku życia, co związane jest z procesem wyludniania się i starzenia podlaskich wsi.