Usama ibn Ladin werbował do swojej organizacji przede wszystkim osoby z dużym doświadczeniem wojskowym.
O stanowienie komórek operacyjnych i wsparcia podległych Al-Ka’idzie oskarżono (po czym zlikwidowano) obywateli Włoch, Niemiec, Wielkiej Brytanii, Kanady, Stanów Zjednoczonych, Tanzanii, Kenii, Jemenu i Albanii. Niektórzy uznają ich istnienie także w prawie 50 innych krajach, w tym: w Somalii, Erytrei, Sudanie i na Filipinach. Operacyjne komórki Al-Ka’idy miały składać się z komandosów działających pod kierunkiem Mohammada Atefa, alias Abu Hafs. Mieli to być głównie ludzie gotowi do akcji samobójczych. Organizacja miała posiadać także służbę bezpieczeństwa, na czele której miał stać Mohammad Musa.
Zamachy Niektórzy przypisują organizacji część lub wszystkie z następujących zamachów: 26 lutego 1993 – eksplozja furgonetki pułapki w podziemnym garażu World Trade Center. 25 czerwca 1996 – zabicie 19 amerykańskich żołnierzy w Arabii Saudyjskiej. 7 sierpnia 1998 – zamach na amerykańskie ambasady w Nairobi (Kenia) i Dar es Salaam (Tanzania).