Znaczący rozwój nastąpił po 1590, kiedy Mikołaj Wolski herbu Półkozic, Marszałek Wielki Koronny i starosta krzepicki, unowocześnił zakład hutniczy. Przystajń aż do rozbiorów Polski należała do powiatu lelowskiego województwa krakowskiego.

Po II rozbiorze Polski w 1793 roku miejscowość przejściowo była pod panowaniem pruskim do czasu utworzenia (Księstwa Warszawskiego, choć pozostała blisko granicy z Królestwem Prus (od 1871 Niemcami). Od 1815 roku była częścią Królestwa Polskiego pod panowaniem Imperium Rosyjskiego (zabór rosyjski).

W 1918 roku, po odzyskaniu przez Polskę niepodległości, Przystajń stała się częścią województwa kieleckiego. W pierwszej połowie 1936 roku doszło do ekscesów o podłożu antysemickim.

We wrześniu 1939 roku miejscowość znalazła się pod okupacją niemiecką i została bezpośrednio włączona do Rzeszy.

W okresie okupacji doszło do wymordowania społeczności żydowskiej, a także dokonywano licznych mordów i egzekucji na miejscowych Polakach. Okupacja niemiecka zakończyła się w styczniu 1945 roku.

W latach 1954-1972 wieś była siedzibą gromady Przystajń, po reformie gminy Przystajń.

W latach 1975–1998 wieś administracyjnie należała do województwa częstochowskiego.