2.07 jedna rakieta Al Hussein wpadła do basenu portowego, w odległości 125 m od „Wodnika”, jej głowica jednak nie eksplodowała, dzięki czemu okręt uniknął poważnego uszkodzeniaJarosław Palasek: Iracki atak rakietowy na Al Jubail w: Okręty Wojenne nr 57 (1/2003), s. 71. Okręt powrócił do Gdyni 20 maja 1991 roku, kontynuując następnie służbę w charakterze okrętu szkolnego.
Od stycznia 1995 roku wchodził w skład Dywizjonu Okrętów Szkolno-Badawczych. W tym roku okręt został wyróżniony medalem „Za zasługi dla Marynarki Wojennej”.
ORP „Wodnik” reprezentował polską marynarkę m.in. w obchodach 50. rocznicy napaści Niemiec na Norwegię w Narwiku (1990), 50. rocznicy desantu w Normandii (1994), 500. rocznicy odkrycia Brazylii w Rio de Janeiro (2000) i VIII Zlocie Marynarek Wojennych Świata w Bombaju (2001).
Na początku 2018 roku okręt odbył rejs szkolny na Morze Śródziemne i do Kuwejtu, po raz pierwszy także z podchorążymi z Arabii Saudyjskiej, Kataru i Kuwejtu studiującymi w Akademii Marynarki Wojennej w Gdyni.
W 2020 roku okręt został wyremontowany i zmodernizowany w szczecińskiej stoczni Net Marine - Marine Power Service.