Jeśli w ramach danego podpodziału istnieje więcej niż 9 jednostek, numeracja jest kontynuowana z użyciem wielkich liter.
Poziomy Wyróżniono 3 poziomy NUTS, z których najważniejsze są NUTS 2 oraz NUTS 3 – służące identyfikacji obszarów kwalifikujących się do wsparcia w ramach polityki strukturalnej UE. Na poziomie NUTS 2 wspierane są obszary problemowe o niskim poziomie rozwoju, a na poziomie NUTS 3 – obszary wymagające restrukturyzacji oraz regiony przygraniczne. Dodatkowo określono 2 poziomy bardziej szczegółowe nazywane Local Administrative Units (LAU), które jednak nie są regulowane Rozporządzeniem. W planach jest opublikowanie raportu Komisji Europejskiej dotyczącego możliwości rozszerzenia klasyfikacji regulowanej Rozporządzeniem o czwarty poziom.
Rozporządzenie dzieli jednostki NUTS na dwa rodzaje – jednostki administracyjne, jeżeli dany poziom NUTS odpowiada jednostkom administracyjnym danego kraju, oraz jednostki nieadministracyjne, jeżeli jednostki danego poziomu NUTS powstają z łączenia ze sobą jednostek administracyjnych danego kraju. Załącznik II do rozporządzenia wymienia jednostki uznane za administracyjne. Jednostkami administracyjnymi są np. w Niemczech jednostki NUTS 1 (kraje związkowe), w Polsce jednostki NUTS 2 (województwa), we Francji jednostki NUTS 3 (departamenty).