Na synodzie w Vienne, papież obłożył ekskomuniką Henryka V.
Henryk V początkowo nie mógł zareagować na zerwanie układu z Ponte Mammolo, gdyż miał problemy z opozycją wewnątrz Niemiec, której przewodził książę saski Lotar III, jednak w 1116 podjął ponowną wyprawę do Rzymu. Cesarz chciał zapobiec także wykonaniu testamentu Matyldy Toskańskiej (zm. 1115), która zapisała swoje ziemie Kościołowi. W 1117 Rzym ponownie znalazł się pod okupacją niemiecką, jednak Paschalis II zdążył go wcześniej opuścić i udał się do Benewentu. Do Rzymu powrócił dopiero kilka dni przed śmiercią.
Spór z cesarzem o inwestyturę odbijał się dużym echem także we Francji i Anglii. Początkowo władcy tych krajów próbowali podążać śladami cesarza, jednak dość szybko doszło tam do zawarcia kompromisu (Francja 1104, Anglia 1107).
Krótko po wyborze, do Paschalisa II dotarła wiadomość o zdobyciu Jerozolimy przez wojska I krucjaty; papież przez cały swój pontyfikat wspierał ruch krucjatowy. Zatwierdził regułę Joannitów, bullą z 15 lutego 1113 roku. Mianował co najmniej 67 nowych kardynałów.
Papież Paschalis II powrócił z Benewentu do Rzymu, 14 stycznia 1118 roku i zmarł tydzień później w Zamku św. Anioła.