Z 1562 pochodzi pierwsza wzmianka o wsi Biała (dzisiejszej Białce), najmłodszą wsią jest Wieprzec.
W Makowie dość szybko powstała parafia, która zasięgiem objęła znaczny obszar. Od początku wsie dzisiejszej gminy wchodziły w skład starostwa lanckorońskiego. Również później były połączone wspólnym losem. Cały ten obszar znany był z wyrobów z drewna – rzemieślnicy z Makowa mieli m.in. obowiązek dostarczania do żup solnych w Wieliczce beczek na sól i stempli do kopalni. Obok rzemiosła podstawą lokalnej ekonomii było rolnictwo. Wsie te tworzyły jeden zespół dóbr ziemskich z siedzibą w Makowie, będącym najlepiej rozwijającą się wsią w tym obszarze. Dzięki temu w 1. połowie XIX wieku wieś otrzymała prawa miejskie, a na początku XX wieku była przez kilka lat siedzibą powiatu.
Gmina Maków Podhalański w swoim obecnym kształcie powstała w 1973 po rozwiązaniu gromad.
10 lipca 2005 odbyły się w gminie konsultacje społeczne w sprawie podziału gminy na trzy mniejsze jednostki: gminę miejską Maków Podhalański, gminę wiejską Maków Podhalański (wsie: Grzechynia, Kojszówka, Juszczyn, Wieprzec i Żarnówka) oraz gminę wiejską Białka. Żądania podziału gminy wynikały z nieporozumień na temat podziału finansów gminy.