11 września 1939 roku 23 Batalion Saperów postawił w ciągu 9 godzin most przez Wisłę o długości 345 m, a w ciągu 6,5 godziny naprawił dla potrzeb piechoty znajdujący się obok most zbudowany latem 1939 roku, który wysadzono przedwcześnie w obawie przed zbliżającymi się wojskami niemieckimi. Niezwłocznie po zakończeniu prac przez obydwa mosty przeprawiły się główne siły Armii „Kraków”.
W czerwcu 1942 Niemcy utworzyli w Baranowie getto dla ludności żydowskiej. Przebywało w nim ponad 2 tys. osób z Baranowa, Tarnobrzega i okolicznych miejscowości. W lipcu tego samego roku getto zostało zlikwidowane. Mieszkańców przesiedlono do getta w Dębicy, a 60 osób rozstrzelano.
W czasie okupacji na zamku mieścił się niemiecki Zarząd Powierniczy.
W lipcu 1944 roku wojska radzieckie sforsowały Wisłę i utworzyły na jej lewym brzegu tzw. przyczółek baranowsko-sandomierski. Duża część miasta (ponad 150 domów) została zniszczona wskutek niemieckich nalotów. W czasie II wojny światowej w Baranowie gościli żołnierze z Batalionów Chłopskich i z oddziału Jędrusie.