W 1508 miejscowość została odnotowana jako opuszczona. W 1509 nie zostały wypełnione formularze podatkowe. W 1563 wieś odnotowana została jako opuszczona,. Miał tylko miejsce pobór podatków z młyna dorocznego o jednym kole wodnym zwanym „Rzyżyńskim Młynem”. W 1577 miejscowość należała do kasztelana śremskiego, podskarbiego wielkiego koronnego Jakuba Rokossowskiego. W 1580 zapłacił on pobór podatkowy od 2 zagrodników, od jednego najemnego robotnika zwanego ratajem, który pracował na dwóch pługach oraz od roli karczmarskiej. W 1583 pobór z Ryżyna zapłacił Jan Rokossowski.
W wyniku II rozbioru Rzeczypospolitej w 1793, miejscowość przeszła w posiadanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim. W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815-1848) miejscowość należała do wsi większych w ówczesnym pruskim powiecie Międzyrzecz w rejencji poznańskiej. Ryżyn należał do okręgu sierakowskiego tego powiatu i stanowił część majątku Sieraków, którego właścicielem był wówczas rząd pruski w Berlinie.