Clarence Allen spędził w celi śmierci dwadzieścia trzy lata. W tym czasie jego stan zdrowia ulegał stopniowemu pogorszeniu; stracił częściowo wzrok i słuch, chorował na cukrzycę, a we wrześniu 2005 przeszedł ciężki zawał serca i od tego czasu poruszał się na wózku inwalidzkim. Prawnicy ubiegający się o wstrzymanie egzekucji argumentowali, że stracenie schorowanego człowieka w podeszłym wieku byłoby czynem niehumanitarnym, a także że skazany nie stanowi już żadnego zagrożenia dla społeczeństwa. Prośby te odrzucił gubernator Kalifornii Arnold Schwarzenegger, a następnie także stanowy sąd najwyższy (Sąd Najwyższy USA odmówił rozpatrzenia wniosku prawników), przypominając, że Allen był w pełni poczytalny w chwili popełnienia swoich czynów.
Wyrok śmierci wykonano 17 stycznia 2006 w więzieniu San Quentin przez wstrzyknięcie trucizny. Allen, który dzień wcześniej ukończył 76 lat, był drugim najstarszym więźniem straconym w USA po przywróceniu kary śmierci w 1976 (w grudniu 2005 stracono w stanie Missisipi 77-letniego Johna B. Nixona).