W Sydney za pośrednictwem swego dawnego przyjaciela z czasów studenckich wstępuje do lokalnej komórki terrorystycznej. Agenci chcą złapać terrorystów na gorącym uczynku, Sayid ma za zadanie skłonić wahającego się przyjaciela do podjęcia wraz z nim zadania, polegającego na samobójczym ataku. Po przełamaniu jego skrupułów, stale obserwowani przez agentów przystępują do działania. Gdy przyjaciel, w chwilę przed aresztowaniem orientuje się, że stał się ofiarą prowokacji, popełnia samobójstwo. Sayid musi zapisać na swoje sumienie kolejną śmierć, uzyskuje jednak informacje o Nadii. Okazuje się, że osiedliła się w Los Angeles. Sayid udaje się w jej ślady lecąc pechowym samolotem.
Na wyspie dołącza do wiodącej grupy, odgrywając w niej ważną rolę. Dobrze się zna na elektronice, komunikacji, kartografii. Jest sprawny fizycznie i wie, jak posługiwać się bronią. Mimo początkowej nieufności staje się cennym członkiem społeczności rozbitków. W trakcie poszukiwań tajemniczych sygnałów pochodzących z wnętrza wyspy współpracuje z Shannon. Z wolna rozwija się między nimi głębokie uczucie. Gdy wszystko między nimi układa się znakomicie, Shannon zaczynają prześladować wizje Walta. W 6. odcinku II serii dziewczyna ginie, zabita przez Anę-Lucię, która chciała bronić swoją grupę. Ania przywiązała go do drzewa i torturowała.