W sezonie 1998/1999 drużyna pod wodzą trenera Joaquína Peiró wywalczyła historyczny awans do Primera División. W 2002 roku Malaga dzięki 9. pozycji zakwalifikowała się do istniejącego wówczas Pucharu Intertoto. W sezonie 2007/08 występował w rozgrywkach hiszpańskiej Segunda División, do której awansował w sezonie 1997/98. W sezonie 2011/12 do klubu dołączyli: Martín Demichelis, Ruud van Nistelrooy, Nacho Monreal, Joris Mathijsen, Jérémy Toulalan, Joaquín, Isco, Santi Cazorla i bramkarz Carlos Kameni. Malaga zajęła 4. pozycję w lidze i po raz pierwszy w historii awansowała do Ligi Mistrzów. W sezonie 2012/13 zajmuje szóste miejsce w Primera División. Odpadła w ćwierćfinale Ligi Mistrzów w meczach Borussią Dortmund, które zakończyły się rezultatem 0:0 i 2:3. W lipcu 2013 do klubu dołączył polski piłkarz Bartłomiej Pawłowski.