W latach osiemdziesiątych i dziewięćdziesiątych, Mallorca ze zmiennym szczęściem powracała do najwyższej ligi, by następnie z niej spaść. Na dobre powróciła tam dopiero po sezonie 1996–97, kończąc rozgrywki na drugim miejscu ustępując jedynie CP Mérida. W sezonie 2002/2003, pod wodzą Gregorio Manzano, zespół zakończył rozgrywki na dziewiątym miejscu, jednocześnie po raz pierwszy w historii wygrywając Puchar Hiszpanii. Wydarzyło się to pięć lat po ostatnim udziale w finale tego turnieju, kiedy zostali pokonani przez Recreativo de Huelva w stosunku 3–0 w Elche; wcześniej, w 1998–99, Mallorca miała okazje zagrać w finale Pucharu Zdobywców Pucharów UEFA, gdzie została pokonana przez włoskie S.S. Lazio 1–2.
22 lipca 2008 ogłoszono, że 96% akcji klubu RCD Mallorca zostało zakupione za kwotę około 50 milionów funtów przez kontrowersyjnego angielskiego biznesmena Paula Davidsona. W listopadzie okazało się, że Davidson nie jest w stanie zrealizować transakcji ze względu na brak środków, co wzmogło podejrzenia, że jego zainteresowanie nie było niczym więcej, jak tanim chwytem marketingowym.