Po agresji III Rzeszy i ZSRR na Polskę znalazł się na terenie okupacji sowieckiej. W latach 1939–1941 był profesorem zoologii na Uniwersytecie Iwana Franki we Lwowie. W 1944 pełnił funkcję naczelnika Wydziału Szkół Wyższych Resortu Oświaty PKWN. Był organizatorem i od 24 października 1944 do 1 września 1948 pierwszym rektorem Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej w LublinieDorota Gałaszewska-Chilczuk, „Wrogie” Uniwersytety. Polityka państwa komunistycznego wobec Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego i Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej (1944–1969), Warszawa 2013., skąd został następnie usunięty, jako zwolennik zachowania znacznej autonomii szkolnictwa wyższego. Zaangażowany w prace Komitetu Słowiańskiego w PolsceŻycie słowiańskie, t. 2, 1947, s. 240, Lista nowych władz Komitetu Słowiańskiego w Polsce [...] prof. dr Henryk Raabe, rektor Uniw. M. Curie-Skłodowskiej (Lublin).. Jeden z założycieli i wiceprezes TPPR. Od 1944 do 1945 i od 1946 był członkiem Centralnego Komitetu Wykonawczego „lubelskiej” PPS, a w międzyczasie członkiem Rady Naczelnej partii. W latach 1945–1946 pełnił funkcję ambasadora Polski w Związku Socjalistycznych Republik Radzieckich. Od 15 grudnia 1948, po połączeniu PPR i PPS, należał (do końca życia) do Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej.