Dzięki tej pracy udało mu się osiągnąć stabilizację materialną, wynająć mieszkanie oraz sprowadzić do Wiednia ze Lwowa matkę i siostrę. W 1858 artysta przez kilka tygodni gościł w bawarskich miejscowościach Trauensdorf oraz Guns u swojego mecenasa Pappenheima. W tym czasie odwiedzał również powszechną wystawę sztuki niemieckiej w Monachium.
W 1859 nawiązał współpracę z polskim czasopismem „Postęp” Józefa Osieckiego, wydawanym w Wiedniu. Od 1863 artysta stał się jego redaktorem naczelnymAndrzej Niewiarowski, Austria po polsku, Warszawa: Świat Książki, 2009, , s. 158.. Po skazaniu Osieckiego na 6 miesięcy aresztu przez austriacki sąd malarz finansował pismo z własnej kieszeni. W czasie powstania styczniowego Grottger zaangażował się w pomoc uchodzącym z zaboru rosyjskiego powstańcom. 23 grudnia 1863 w wiedeńskim mieszkaniu artysty został aresztowany jeden z Polaków podejrzewany o działalność spiskową w Krakowie. Austriacy wytoczyli Grottgerowi proces, a cesarz Franciszek Józef cofnął mu stypendium artystyczne, w wyniku czego artysta popadł wkrótce w biedę i w lipcu 1865 zmuszony został do opuszczenia WiedniaAndrzej Niewiarowski, Austria po polsku, Warszawa: Świat Książki, 2009, , s. 159.. W 1864 młodszy brat artysty Jarosław za udział w powstaniu został zesłany na Syberię„Grottger. Wystawa w 150. rocznicę urodzin i 120.