Ze względu na tematykę wielu jego dzieł inspirowanych wydarzeniami z historii Polski uchodzi – obok Jana Matejki, Henryka Siemiradzkiego, Wojciecha Gersona – za jednego ze znaczących przedstawicieli nurtu polskiej narodowej szkoły malarstwa historycznego. Jednocześnie podczas pobytu w Wiedniu wykonał również wiele ilustracji odnoszących się do historii Niemiec oraz Austrii, które utrzymane były w stylu historycznej szkoły niemieckiej oraz charakterystycznej dla wiedeńskiego stylu lat 50. XIX wieku „Gemütlichkeit”. Pięć jego rysunków zamieszczono w „Historii Austrii” A. Patuzziego.
Grottger był artystą płodnym i mimo przedwczesnej śmierci zostawił po sobie duży dorobek artystyczny. Na retrospektywnej wystawie jego twórczości w 1988, która odbyła się z okazji 150. rocznicy urodzin artysty w Muzeum Narodowym w Krakowie, zgromadzono blisko 500 jego prac. Uprawiał również różne rodzaje malarstwa. Na krakowskiej wystawie zaprezentowano rysunki, ilustracje książkowe, akwarele, szkice, obrazy olejne oraz jedyną wykonaną przez artystę litografię.