W okresie 1972–1975 sprawował funkcję prodziekana Wydziału Filozoficzno-Historycznego UJ, 1976–1991 był dyrektorem Instytutu Archeologii UJ, a w 1981–1993 członkiem senatu uczelni. Ponadto był członkiem Polskiej Akademii Umiejętności (od 1991), Niemieckiego Instytutu Archeologicznego (od 1975) i Bawarskiej Akademii Nauk (od 1994). Wchodził w skład Komitetu Nauk Pra- i Protohistorycznych PAN, Rady Naukowej Instytutu Archeologii i Etnologii PAN, Centralnej Komisji do spraw Tytułu Naukowego i Stopni Naukowych, Rady Głównej Szkół Wyższych. Ponadto był ekspertem UNESCO do spraw badań archeologicznych w Karakorum i reprezentował Polskę w programie European Science Foundation „Transformation of the Roman World”.
Został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie. W dziesięciolecie śmierci Kazimierza Godłowskiego, w Collegium Minus – siedzibie Instytutu Archeologii UJ odsłonięto tablicę pamiątkową ku jego czci.
Dorobek naukowy Jako archeolog prowadził szereg badań wykopaliskowych, które dostarczały materiału dla jego rozpraw naukowych. Najważniejsze stanowiska archeologiczne, które badał, to cmentarzyska w Żabieńcu koło Częstochowy i Kryspinowie koło Krakowa oraz osada w Jakuszowicach koło Kazimierzy Wielkiej.