Gagauzja posiada także swój lokalny parlament Halk Topluşu. Jest to najwyższy organ przedstawicielski. Parlament ma prawo tworzenia i legalizacji ustaw oraz innych aktów prawnych. Swoich przedstawicieli w parlamencie – minimum jednego – ma każda miejscowość w Gagauzji, niezależnie od liczby mieszkańców. W Halk Topluşu zasiada 35 deputowanych, wybranych na czteroletnią kadencję. Odpowiednikiem rządu jest Komitet Wykonawczy. W momencie powstania autonomii Gagauzja otrzymała prawo do secesji w przypadku, gdyby Mołdawia chciała się zjednoczyć z Rumunią. Prawo to zostało jednak de facto anulowane poprzez zmianę zapisu artykułu nr 111 w konstytucji Republiki Mołdawii w roku 2003. W 2007 roku Başkan M. Formuzal powołał do życia nowy organ doradczy, którym jest Rada Starszych składająca się z 27 członków.