Układ nerwowy U larw żachw występuje charakterystyczna dla strunowców położona dorsalnie cewka nerwowa, która zanika w czasie metamorfozy, kiedy układ nerwowy dorosłego osobnika budowany jest de novo. Z niewielkiego fragmentu cewki nerwowej powstaje wówczas wydłużony zwój nerwowy (ganglion) położony między syfonem wlotowym a wylotowym, odchodzą od niego nerwy unerwiając zwieracze syfonów, trzewia i kosz skrzelowy. Ganglion nie pełni jednak ważnej funkcji - jego usunięcie powoduje jedynie zaburzenia w pracy syfonu.
Poniżej zwoju nerwowego znajduje się niewielki gruczoł o nieznanej funkcji, połączony wąskim kanałem z grzbietową częścią gardzieli. Sugeruje się, że gruczoł ten jest homologiem przysadki.
Układ rozrodczy Większość żachw to organizmy hermafrodytyczne posiadające pojedynczy jajnik i jądro. U niektórych przedstawicieli gonady są jednak parzyste (np. Molgula). Każda gonada uchodzi gonoduktem do syfonu atrialnego. Gonady są położone w pętli jelita (u przedstawicieli Enterogona) lub w ścianach ciała (u Pleurogona). Niektóre żachwy cechują się protoandrią lub protogynią.
Wymiana gazowa Brak osobnego układu oddechowego. Wymiana gazowa zachodzi w koszu skrzelowym i poprzez tunikę.