W 1880 roku wieś liczyła 8 domów dworskich i 57 chłopskich z 736 mieszkańcami, w tym 31 unitami (prawosławnymi). Według spisu z roku 1921, Sitaniec – wówczas wieś w gminie Wysokie, wykazał 166 domów oraz 1147 mieszkańców, w tym 24 Żydów i 53 Ukraińców.
W ramach Akcji Zamość 6 grudnia 1942 roku wieś została wysiedlona. Mieszkańców przewieziono do obozu przejściowego w Zamościu, a część, to jest 370 osób wywieziono do Oświęcimia.
W latach 1954–1968 wieś była siedzibą władz gromady Sitaniec, po jej zniesieniu w gromadzie Wysokie. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa zamojskiego.
Kościół Znajduje się tu kościół pw. św. Bartłomieja Apostoła, wybudowany w latach 1907–1913, ufundowany przez Maurycego Zamoyskiego oraz zabytkowa dzwonnica, która wcześniej służyła drewnianemu kościołowi, który spłonął w czasie I wojny światowej. Przy starym kościele usytuowany był cmentarz. Dziś na miejscu kościoła i cmentarza stoi klasztor sióstr klarysek oraz przykościelna plebania. Kościół jest trójnawową świątynią w stylu neoromańskim. Podczas wycofywania się z tego terenu Rosjan, w 1915 roku, kościół został poważnie uszkodzony wskutek eksplozji ładunku wybuchowego. Zniszczeniu uległy wówczas zgromadzone wewnątrz stare księgi kościelne.