Na przełomie XVI i XVII wieku właścicielami Skorkowa byli Kłoczowscy, m.in. Anna Kłoczowska (Kłoczewska), która na mocy dekretów królewskich z 4 kwietnia 1601 roku przeprowadziła w listopadzie tego roku sypanie kopców granicznych między dobrami królewskimi w tym Skorkowem a dobrami parafii małogoskiej i Kozłowem należącym do Mikołaja Kozłowskiego (głównego powoda sprawy).Jan Wiśniewski, Historyczny opis kościołów, miast, zabytków i pamiątek w jędrzejowskiem, Mariówka 1930, s. 108 Kopce rozgraniczające dobra królewszczyzny małogoskiej od dóbr prywatnych zostały zrównane z ziemią przez kmieci ze Skorkowa, Ciesiel i Lesnicy w 1606 roku z polecenia starosty małogoskiego Krzysztofa Kochanowskiego.Jan Wiśniewski, Historyczny opis kościołów, s. 118
Ogromne spustoszenia w starostwie małogoskim dokonane przez wojska szwedzkie w czasie wojny nie ominęły również Skorkowa. We wsi pozostało 11 kmieci (1660), jednak tylko trzech było zdolnych by gospodarować na zasiedlonej roli. Pozostali wraz z rodzinami znaleźli się na utrzymaniu dworu. Otrząsanie się ze skutków najazdu było spowalniane przez ogólny kryzys w jakim znalazła się Rzeczpospolita po wojnie ze Szwecją.