Po sezonie z klubem rozstał się Ottmar Hitzfeld, który prowadził Bayern od 1998 r. Nowym trenerem został mianowany Felix Magath, prowadzący wcześniej VfB Stuttgart. Zmieniło się również miejsce rozgrywania meczów: Bayern przeniósł się na Allianz Arenę, zupełnie nowy stadion wybudowany na Mistrzostwa Świata 2006 r. w Niemczech. Na początku dzielił go z innym monachijskim klubem – TSV 1860, jednak latem 2006 r. z powodu kłopotów finansowych „Lwy” odsprzedały swoje udziały.